Prokaryoten sind einzellige Lebewesen, deren Zelle keinen abgegrenzten Zellkern besitzt. Die DNA der Prokaryoten schwimmt frei im Zellplasma. Die DNA ist trotzdem nicht gleichmäßig in der ganzen Zelle verteilt, sondern konzentriert sich in einem Bereich, dem sogenannten Nukleoid. Alle Bakterien und Archaea gehören zu den Prokaryoten.
Prokaryoten leben in der Regel als einzelne Zellen. Es gibt jedoch auch solche, die sich unter bestimmten Umweltbedingungen zu größeren Zell-Aggregaten zusammenschließen und einen sozialen, mehrzelligen Verband bilden. Dabei können verschiedene Zellen, ähnlich wie in einem mehrzelligen Organismus, verschiedene Funktionen annehmen. Auch Biofilme sind vielzellige Strukturen, man kann sich darüber streiten, ob man sie als „einen Organismus“ betrachten möchte.