Primer sind kurze, etwa 15 bis 30 Nukleotide lange DNA (oder RNA)-Fragmente, die für die DNA-Synthese durch DNA-Polymerasen notwendig sind. Primer binden über die Ausbildung von Wasserstoffbrücken spezifisch and die DNA-Sequenz zu der sie komplementär sind.
Für die Polymerasekettenreaktion (PCR) oder die DNA-Sequenzierung werden Primer synthestisch hergestellt. Sie bestehen dann aus DNA. In der Natur kommen Primer als RNA-Primer vor. Hier sind sie notwendig für die DNA-Synthese während der DNA-Replikation, ein natürlicher Vorgang in Zellen, wenn sie ihre DNA verdoppeln.
Die Primer dienen den DNA-Polymerasen als Startstellen, um nach der Vorlage eines Einzelstrangs den komplementären Strang zu synthetisieren – Voraussetzung ist natürlich, dass den Polymerasen genügend Bausteine (Nukleotide) zur Verfügung stehen.