Unter dem „Transkriptom“ versteht man die Gesamtheit aller RNAs, die zu einem bestimmten Zeitpunkt in einem bestimmten Zelltyp vorliegen. Es ist leicht einzusehen, dass eine menschliche Gehirnzelle andere Gene abliest, als eine Darmzelle. Aber auch eine Darmzelle ändert ihr Transkriptom abhängig von der Nahrung, die man aufnimmt, von Krankheiten oder Stress. Ebenso ändern Bakterien ihr Transkriptom unter verschiedenen Umweltbedingungen.
Durch moderne Sequenziertechniken (Next Generation Sequencing = NGS) ist es möglich, das gesamte Transkriptom von Zellen zu erfassen. Dabei findet man nicht nur, welche Gene transkribiert werden, sondern man kann auch quantitativ erfassen, wie viele Transkripte von einem Gen in der Zelle vorliegen. Das Problem ist dabei weniger, an die Daten zu kommen, sondern sie zu verarbeiten. Bei einer Transkriptom-Analyse werden oft zig Millionen RNA Stücke sequenziert. Sie zusammenzusetzen und auszuwerten ist die Aufgabe von Bioinformatikern.