Spacer (Abstandhalter) sind DNA-Trennsequenzen zwischen Funktionsabschnitten auf der DNA. CRISPR-Systeme enthalten kurze, sich immer wieder wiederholende identische DNA-Sequenzen, die von den Spacern unterbrochen werden. Früher dachte man, diese Spacer hätten keine Funktion. Mit Computer-Analysen hat man jedoch herausgefunden, dass sie meistens von eingedrungenen Viren abstammen. Spacer liefern das „Adress-Label“ für die Cas-„Genschere“.
