Das ist der Ort im Genom, wo die Cas-Gene und der CRISPR-Array (CRISPR-Abschnitte) abgelegt sind. Der CRISPR-Array besteht abwechselnd aus sich wiederholenden Sequenzen (Repeats) und variablen Sequenzen (Spacern). Spacer sind meist kurze DNA Abschnitte, die aus infizierenden Viren stammen. Allerdings gibt es auch Spacer, die z.B. Abschnitte aus dem eigenen Bakteriengenom enthalten. Welche Funktion diese Spacer haben, die theoretisch zur Selbstzerstörung führen, wird in einigen Forschungsprojekten untersucht.
Der CRISPR-Array wird als eine lange RNA abgelesen und danach in kleine crRNAs zerlegt (prozessiert). Die fertigen crRNAs enthalten die Sequenz des Spacers und ein kurzes Stück der sich wiederholenden Sequenzen (Repeats).
