Pauline und die Ausreißer (Teil 4) – Wie hoch ist der Anteil an Ausreißern?

Die blauen Ausreißer-Kolonien in den geCRISPRten Bakterien sind selten. Vielleicht haben wir einen Fehler gemacht, und es sind uns ein paar wenige blaue Zellen „einfach ins Experiment gefallen“? Wir müssen untersuchen, ob die Ausreißer reproduzierbar immer wieder in etwa gleicher Anzahl in unabhängigen Experimenten auftreten!

Pauline hat das Experiment bisher 12-mal gemacht und dabei frische Lösungen und neue kompetente Zellen für die Transformation verwendet. Die Ergebnisse sind in der Tabelle gezeigt:

Escaper

Die weißen, geCRISPRten Kolonien hat sie nicht alle einzeln ausgezählt. Es reicht aus, wenn man 1/4 oder 1/10 der Platte zählt und dann hochrechnet.

Wie man in der Tabelle sehen kann schwankt der Anteil an ausgezählten, geCRISPRten Kolonien von Fall zu Fall und so auch die Zahl der gefundenen Ausreißer. Fasst man aber alle 12 Experimente zusammen, kommen wir auf einen Anteil von etwa 0,1% Ausreißer, also einer blauen Kolonie in 1000 weißen Kolonien. Das ist sehr viel, wenn man bedenkt, dass die Mutationsrate bei E. coli bei etwa 0,00001% pro Gen und pro Generation liegt! Wenn die Zahlen richtig sind, dann würde das 10000x höher liegen als die normale, zufällige Rate an Punktmutationen! Das ist erstaunlich! Bei den kleineren Zahlen der einzelnen Experimente ist der prozentuale Anteil der Ausreißer natürlich variabler und unsicherer, aber „über den Daumen“ kommt das insgesamt schon hin. Pauline wird bestimmt noch weitere Experimente machen und wir werden mit der Zeit sehen, ob sich die Zahl von 0,1% Ausreißern bestätigt oder ob es wesentliche Abweichungen gibt.

Man kann noch viele weitere statistische Berechnungen anstellen (vielleicht fallen euch ja noch welche ein?), aber zunächst wollen wir es dabei belassen.

Fazit: Wir haben mit 0,1% eine relativ hohe Zahl an Ausreißern, die nicht so leicht mit der natürlichen Rate an Punktmutationen zu erklären ist.

Wie machen wir jetzt weiter?

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