Pauline und die Ausreißer (Teil 1) – Ein kleines Forschungsprojekt zum Mitmachen

Science Bridge hat ein einfaches Experiment zu CRISPR-Cas entwickelt, die Publikation dazu gibt es unter https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202319300039.

Ganz kurz zusammengefasst:
In einem E. coli-Bakterienstamm liegt das Plasmid pSB20 HIII mit dem lacZ-Gen vor. In Gegenwart von XGal und IPTG färben sich Kolonien dieses Stammes blau. Das Plasmid pCas9 enthält die codierende Sequenz für das Cas9-Protein und exprimiert eine crRNA, die Cas9 zum lacZ-Gen leitet.

Bringt man pCas9 in den Bakterienstamm ein, wird das lacZ-Gen zerschnitten und die Kolonien verlieren die blaue Färbung.

Blau vs Weiß
Agarplatten mit blauen, nicht geCRISPRten (links) und weißen, geCRISPRten (rechts) Escherichia coli-Kolonien aus dem CRISPR-Experiment

Soweit – so gut! Das Experiment funktioniert prima!

Wenn man genau schaut, findet man aber manchmal die eine oder andere blaue Kolonie unter den geCRISPRten Bakterien, wir nennen sie „Ausreißer“ oder „Escaper“.

Ausreisser
Vergrößerter Ausschnitt eines Ausreißers: eine blaue Kolonie inmitten von zahlreichen weißen, geCRISPRten Bakterien

Aber wie kann das sein?

Fragezeichen

Pauline aus dem Science Bridge-Team geht aktuell genau dieser Frage nach und hat dazu ein kleines Forschungsprojekt begonnen. Wir werden ihre neuesten Ergebnisse und Fortschritte hier auf dem Blog – unter der Rubrik Laborgeflüster – posten, so könnt ihr Paulines Arbeitsschritte genau mitverfolgen. Das ist spannend, denn wir wissen auch nicht, was dabei rauskommt!

Helft Pauline und macht Vorschläge, wie sie das „Geheimnis der Ausreißer“ lösen kann! Eure Vorschläge könnt ihr entweder in Form eines Kommentars am Ende dieses Beitrags aufschreiben oder uns über unser Kontaktformular mit dem Hinweis „Pauline und die Ausreißer“ zukommen lassen. Kommentare, die über Social Media (Facebook, Instagram oder Twitter) von CRISPR-Whisper eingehen, werden wir zusammentragen und ebenfalls hier auf dem Blog vorstellen. Für die besten Vorschläge gibt es ein CRISPR-Whisper T-Shirt!

Pauline freut sich auf eure Ideen!!

5 Comments

  1. Hmmm…sieht so aus als würde das CRISPRn in manchen Kolonien nicht mehr funktionieren. Haben die blauen Kolonien noch das Plasmid mit der Cas9 und der crRNA? Vielleicht mal eine Kolonie-PCR machen?
    Viel Erfolg bei der Detektivarbeit! 😉

    Gefällt 1 Person

    1. @ Paul: ja, sieht so aus, als würde es nicht zu 100% funktionieren! Aber warum? Enzym macht Mittagspause oder ist gestorben? Fällt dir was ein, wie Pauline das rausfinden kann?

      Liken

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